اختلال هویت جنسی (TS) تعارضی بین جنسیت واقعی فرد و جنسیتی است که فرد خود را با آن تعریف می‌کند. بعنوان مثال، فردی که بعنوان یک پسر تعریف می‌شود ممکن است احساس کند دختر است یا رفتارهایی دخترانه داشته باشد. فرد با جنسیت بیولوژیکی که به دنیا آمده است، ناراحتی بسیار زیادی را تجربه می‌کند. آنها ممکن است از اندام جنسی خود متنفر باشند، مثل جنس مخالف خود لباس بپوشند، دوست داشته باشند بعنوان جنس مخالف خود زندگی کنند و به دنبال مشکلاتی که برایشان بوجود می آید دچار افسردگی یا اضطراب شوند، توسط همسالان، دوستان، والدین و اطرافیان طرد شوند، از روابط اجتماعی کناره‌گیری نمایند و احساس تنهایی کنند. اختلال هویت جنسی نوعی انحراف جنسی یا همجنس‌ بازی نیست و با آن­ها تفاوتهای اساسی دارد. این افراد نیاز به ارزیابی های پزشکی و روانشناختی عمیق و تخصصی دارند و درمان آنها محل بحث و مناقشه است. هم بازگشت به جنسیت بیولوژیکی و هم تغییر جنسیت می تواند با مسایل و مشکلات عمده ای همراه شود. در کلینیک رهیاب، با این افراد درمان های شناختی- رفتاری، روانکاوی، گروه درمانی، سکس تراپی و برخی روشهای دیگر درمانی از جمله مشاوره با والدین و اعضاء خانواده صورت می گیرد.